幕末时期，维新派在传奇的刽子手拔刀斋绯村剑心（凉风真世配音）引退后，选出同样具有高超剑术的志志雄真实（池田政典配音）继续着暗杀任务。在维新即将获得胜利之际，为掩盖种种不可告人的秘密，新政府密谋杀害志志雄。谁知全身遭到重度烧伤的志志雄却从地狱活转，怀着巨大的仇恨制定了“京都破坏计划”，他的手下网罗了四乃森苍紫、濑田宗次郎、宇水、张等一大批高手。与此同时，剑心、京都御庭番众、斋藤、比谷清十郎纷纷行动起来，朝向京都进发。一场决定历史气运的大战即将拉开序幕本片根据和月伸宏的同名漫画改编。